Istoria de peste 160 de ani a bisericii Betania începe în data de 30 aprilie 1856, odată cu sosirea lui Karl Johann Scharschmidt în România. Născut în 1820 la Ofen, lângă Budapesta, acesta a plecat ulterior în Germania. Ajuns acolo, se stabilește în Hamburg, unde are loc întâlnirea lui personală cu Domnul și unde este botezat în 1845 chiar de catre J.G.Oncken, unul dintre pionierii credinței baptiste europene. Ajuns în București împreună cu soția sa, Augusta, Scharschmidt se înconjoară de un grup de prieteni pe care îi invita în casa lor și cărora începe să le vestească Evanghelia. În curând, grupul de rugaciune și studiu biblic nu mai încape în casa familiei, așa că atelierul de tâmplarie este amenajat pentru adunare. Profitând de existența unui grup de peste 20.000 de germani în București la acea vreme, noul grup de credincioși tipărește peste 3000 de broșuri evanghelistice și le distribuie celor interesați. Când prima familie cere să fie botezată, Scharschmidt, nefiind predicator, îi scrie lui Oncken pentru a primi ajutor în lucrarea Domnului. În septembrie 1863 sosește la București August Liebig iar în mai 1864 Karl Friedrich Weigel, de profesie lăcătuș, dar cu mare har în predicarea Evangheliei. El finanțează cumpărarea imobilului din str. Popa Rusu 22, unde se construiește clădirea pentru biserică. În acel moment comunitatea de credincioși, exclusiv germani, numara aproximativ 15 persoane.
Lucrarea bisericii se diversifică, adăugându-se repede o Școală Duminicală pentru copii; tinerii s-au organizat într-o asociație a tinerilor creștini, luând ființă și o asociație pentru răspândirea de tractate și broșuri. August Liebig începe o lucrare de misiune în Moldova și Dobrogea, înființând încă două noi biserici, la Iași și Cataloi. În 1878 vine ca pastor al bisericii din București Daniel Schwegler și va ramâne ca slujitor al ei pâna în anul 1886. În 1883 se convertește Johann Hammerschmidt, care devine pastorul bisericii între anii 1903-1910. În timpul slujirii lui se întorc la Domnul și primii români, printre care și Constantin Adorian. Pe parcursul primului război mondial pastor este Beniamin Schlipf, până în anul 1922, apoi urmează Karl Ströbel pâna în 1928, o persoană care și-a manifestat în mod deschis dragostea pentru români, Johannes Fleischer până în 1944, Johann Werner Abele (1944-1947) ca diacon responsabil al lucrării.
În 1962, odată cu legea arondării, biserica baptistă germană își exprimă acordul să primească în localul din str. Popa Rusu 22, grupul de credincioși din str. Apele Minerale, format de aproximativ 60 de persoane și păstorit de Florea Simionescu, pentru a-și desfășura serviciile divine în mod alternativ. În aceeași perioadă începe un exod masiv al etnicilor germani, care se repatriază în numar foarte mare, astfel că în 1963 biserica din str. Popa Rusu numara 153 de membri, dintre care 100 români, 45 germani și 7 maghiari. În 1970 este chemat ca pastor al bisericii germane Adolf Novak, iar după pensionarea lui Florea Simionescu, pastor al bisericii române devine Iosif Sărac, pâna în anul 1983. În anul 1979 biserica baptistă germană cedează comunității de români întregul patrimoniu al bisericii germane, iar după plecarea lui Adolf Novak în Germania serviciile în limba germană sunt suspendate. După plecarea în Statele Unite a pastorului Iosif Sărac, biserica Betania este girată de pastorul Vasile Al. Taloș, între anii 1983-1984, când lucrarea este preluată de pastorul Ilie Țundrea, care va sluji până în anul 1993, când pleacă la Oradea, ca profesor la Universitatea Emanuel. În 1993 este invitat ca pastor Liviu Căprar, care era în același timp și director al Liceului Baptist Logos. Acestuia i se alatură, în anul 1999, ca pastor de tineret Soterius Tătaru. În anul 2002 este invitat din nou ca girant pastorul Vasile Al. Taloș, iar în anul 2005 este ales ca pastor Radu Oprea, care a slujit biserica Betania până în anul 2017. În iulie 2017 este ales ca pastor Emanuel Dejeu iar în august 2021 i se alătură ca și coleg pastorul Daniel Fodorean.